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企业合并后员工合同的处理如下：
公司合并后，员工和原公司签订的劳动合同继续有效，劳动合同由承继其权利和义务的用人单位继续履行。用人单位与劳动者应当按照劳动合同的约定，全面履行各自的义务。
但是用人单位与劳动者协商一致，可以变更劳动合同约定的内容。变更劳动合同，应当采用书面形式。更后的劳动合同文本由用人单位和劳动者各执一份。
二、分公司合并员工的处理：公司合并后，被合并公司的员工，因薪酬、岗位、福利等因素变化，员工有权自由选择去留。若员工选择离开，公司需要对员工进行相应补偿。对员工的补偿包括：现金支付形式、股权支付形式和债权支付形式。找法网提醒您，三种方式是针对企业的支付能力来确定的，如果改制企业的支付能力比较差，可以将员工的经济补偿金转为改制企业的负债，同时减少相应的企业净资产。
三、1.签订公司合并协议；
2.编制资产负债表、财产清单；
3.决议作出之日起十日内向债权人发送通知；
4.就合并事项进行公告；
5.到工商局办理变更登记。
根据《公司法》第一百七十三条的规定，公司合并，应当由合并各方签订合并协议，并编制资产负债表及财产清单。公司应当自作出合并决议之日起十日内通知债权人，并于三十日内在报纸上公告。债权人自接到通知书之日起三十日内，未接到通知书的自公告之日起四十五日内，可以要求公司清偿债务或者提供相应的担保。
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